Muñoz nunca estuvo de acuerdo con el reconocimiento a la nación africana. Sus buenas relaciones con Marruecos y, en especial, su amistad con el ex presidente español Felipe González, reconocido lobista opositor a la independencia de la RASD, ayudan a explicar su posición. En su condición de canciller, Muñoz invitó a González en 2017 a Chile y gestionó un encuentro con Bachelet, donde el dirigente español expresó su postura adversa con respecto a la independencia saharaui.