El rol de la ANI y sus antecesores siempre ha sido cuestionado, su doctrina (poco conocida) rediseñó el sistema de inteligencia del país buscando distender la tensión siempre presente entre la inteligencia civil y la de las FFAA. Ese gradual y lento tránsito hacia un sistema de inteligencia no se condice con los acontecimientos que suceden en la realidad que se busca interpretar. En la era Jordán la ANI es el «brazo civil» de las FFAA, no hay espacio para civiles, los despidos del director Jordán así lo indican.